De forma geral, as chuvas ocorrem com maior freqüência nas cabeceiras dos rios que deságuam na planície. Com o início do trimestre chuvoso nas regiões altas (a partir de Novembro), sobe o nível de água dos rios, provocando as enchentes.
A natureza repete, anualmente, o espetáculo das cheias, proporcionando ao Pantanal a renovação da fauna e flora local.
Esse enorme volume de água, que praticamente cobre a região pantaneira, forma um verdadeiro mar de água doce onde milhares de peixes proliferam. Peixes pequenos servem de alimento a espécies maiores ou a aves e animais.
O mesmo ocorre paralelamente com o Rio Paraguai, não havendo como escoar toda a água acumulada. As águas se espalham e cobrem, continuamente, vastas extensões em busca de uma saída natural, que só é encontrada centenas de quilômetros adiante, no encontro com o Rio Paraná, que deságua no Rio da Prata e este, no Oceano Atlântico, fora do território brasileiro. As cheias chegam a cobrir até 2/3 da área pantaneira.
Apartir de Maio inicia-se a "vazante" e as águas começam a baixar lentamente. Quando o terreno volta a secar permanece, sobre a superfície, uma fina mistura de areia, restos de animais e vegetais, sementes e húmus, propiciando grande fertilidade ao solo.
Quando o período da vazante começa, uma grande quantidade de peixes fica retida em lagoas ou baías, não conseguindo retornar aos rios. Durante meses, aves e animais carnívoros (jacarés, ariranhas e outros) têm, portanto, um farto banquete à sua disposição.
As águas continuam baixando mais e mais e nas lagoas, agora bem rasas, peixes como o dourado, pacú e traíra podem ser apanhados com as mãos pelos homens. Aves grandes e pequenas são vistas planando sobre as águas, formando um espetáculo de grande beleza.
O acesso é feito através da MT-060, partindo-se de Cuiabá até Poconé, por 100 km em via asfaltada e continuando pela rodovia Transpantaneira por mais 147 km até Porto Jofre, às margens do rio Cuiabá. De Porto Jofre até o Parque o acesso é apenas por via fluvial, navegando-se por aproximadamente 4 horas. Por via aérea utiliza-se a pista de pouso da Fazenda Acurizal (RPPN/Fundação Ecotrópica), gastando-se 1 hora de vôo e meia hora de barco. A cidade mais próxima à unidade é Poconé que fica a 110 km da capital.
O Parque Nacional do Pantanal foi criado em 1981, englobando 135.000 hectares do Pantanal. Na década de 80, a reserva foi base de operações contra os caçadores de jacarés, chamados de coureiros.
ÉPOCA DE CHEIAS - de Dezembro a Março - se inicia com o transbordar das águas do Rio Paraguai, obrigando os animais a buscar as áreas mais elevadas do terreno - as cordilheiras. Esta é a melhor época do ano para se ver a plenitude do Pantanal com vastos campos totalmente alagados se destacando toda a plenitude da flora. Poderão ser avistados as mesmas espécies de animais que se vêem na época da seca só que em grupos menores e mais espalhados.